乾道年間(1165～1174年），傅伯成為感念朱氏父子對安?！俺膛d學(xué)”的功績，將“鰲頭精舍”辟為“二朱先生祠”，繪制二朱像奉祀。嘉定初，鎮(zhèn)官游絳、郡守鄒應(yīng)龍循民之請，創(chuàng)辦石井書院，鄒公撥公帑40萬緡，令漕舶兩司捐助，命朱在主持書院的營造工程。書院按州郡學(xué)宮的規(guī)制，將祠宇、講堂、藏書閣作為書院的三大基本建筑。書院于嘉定三年(1210年）冬動工興建，五年(1212年）秋竣工。石井書院創(chuàng)辦之后，繼承朱子思想，開展各個層面的辦學(xué)活動。

規(guī)范供祀制度：石井書院與全國所有的書院一樣，對尊崇的先師都有法定的祭奠活動，所不同的是，石井書院所供祀的主要對象是朱松、朱熹兼及朱在。因此，石井書院的祠宇，俗稱“朱祠”，是書院的主體建筑。書院創(chuàng)辦伊始，即規(guī)定生員于每年農(nóng)歷八月二十七日，仿效郡邑禮儀，舉行隆重的“釋奠禮”，奏六篇樂章，以表對先師理學(xué)思想的尊崇，仿效的榜樣。此外，每年還舉行春秋二祭，四冊里長主持，朔望焚香供茶，書生輪東祀之。